Donnie Darko is een normale tiener, uit een normaal gezin, met een normaal leven. Dan stort er plotseling een vliegtuigmotor op zijn ouderlijk huis, midden in zijn slaapkamer, waardoor hij maar net aan de dood ontsnapt. Vanaf dat moment zal Donnie's leven er niet meer hetzelfde uit zien. Hij krijgt last van afschrikwekkende hallucinaties, krijgt wereldbedreigende boodschappen door en begint zich voor vriend en vijand nogal vreemd te gedragen. Ook de wereld om hem heen staat op z'n kop. Waarom staat ineens het huis van de christelijke zelfhulpgoeroe Cunningham in brand? Waarom wordt zijn favoriete lerares Engels ineens ontslagen? Waarom blijft de oud-lerares 'Mrs. Death' op en neer lopen tussen haar huis en haar brievenbus? In de verrassende ontknoping wordt duidelijk dat niets voor niets blijkt te zijn.