Vanaf 1977 tot 1992 dirigeerde hij kamerkoren en oratoriumkoren in diverse delen van het land. Sinds 1983 werkt hij als dirigent met diverse amateursymfonieorkesten en ensembles. Hij trad op met diverse professionele ensembles, zoals het Limburgs Symphonie Orkest, het Noordhollands Philharmonisch Orkest, het Nederlands Strijkorkest en het Nederlands Kamerkoor. Bij de Stichting Kamer Opera Nederland dirigeerde hij diverse operaproducties, bij Greg & Baud Productions musicalproducties en met het Omroepkoor in Hilversum maakte hij radio-opnames.

In het buitenland trad hij op als gastdirigent bij symfonieorkesten in Macedonië en Roemenië en was hij herhaald te gast als dirigent in Spanje bij de symfonieorkesten van Asturias en Granada.

Michel Havenith was van 1984 tot april 2002 als dirigent verbonden aan het Rijnlands Orkest te Alphen aan den Rijn. Daarnaast treedt hij op als dirigent bij uiteenlopende muziekprojecten en dirigeerde en organiseerde orkestprojecten.

Als docent en cursusleider geeft hij dirigeercursussen en is hij verantwoordelijk voor de opleiding van dirigenten.