In de 17e-eeuwse vestingwerken waren enkele zaken opvallend afwezig. Er was geen bergruimte om de enorme hoeveelheid militaire goederen op te slaan die nodig waren om een vesting als Naarden in oorlogstijd te kunnen verdedigen. Hierin werd voorzien door de bouw van het Arsenaal op bastion Oud Molen (1688), later uitgebreid met een nieuwe vleugel, het Klein Arsenaal (1728). In de stad, maar grenzend aan de vestingwal, werden nog aangelegd het gebouw de Vijf Loodsen (1747; afgebroken 1950) en de Turfloods (1752).
Ook ontbraken er kazernes of andere gebouwen waar de bezetting kon worden ondergebracht en er waren geen voorzieningen als keukens, magazijnen voor kleding en levensmiddelen of een militair ziekenhuis. Dit was mogelijk omdat het garnzizoen in gewone tijden betrekkelijk klein was. Als de bezetting in tijden van spanning of oorlog toenam, werden gebouwen in de stad gevorderd en bracht men de soldaten tegen een vergoeding bij de burgers onder (het inkwartieren). Dat gebeurde bijvoorbeeld tijdens de inval door Pruissen in 1787. De commandant van het garnizoen vorderde alle leegstaande huizen, kwartierde in elke woning 4 soldaten in, liet levensmiddelen opslaan in het weeshuis, gebruikte de Waalse Kerk als hospitaal en de Grote Kerk als wapenopslagpplaats.
In 1789 vond de Franse revolutie plaats. Binnen enkele jaren was Frankrijk verwikkeld in een oorlog met een coalitie van verschillende andere Europese staten. Tijdens deze oorlog werd Nederland in 1795 door het Franse leger onder de voet gelopen. Ook Naarden werd bezet en zou dit tot in 1814 blijven. De Fransen vonden Naarden van grote militaire waarde en legerden er een fors garnizoen. Toen na de Franse nederlaag in de drievolkerenslag bij Leipzig de geallieerde legers onze grenzen naderden, werd de vesting door de Franse bezetter in staat van verdediging gebracht. Naarden werd een van de laatste militaire steunpunten van de Fransen in Nederland. Pas na een maandenlange belegering gaven de Fransen zich in mei 1814 over. Het lijkt de ironie van de geschiedenis dat de enige keer dat de vesting zijn defensieve kracht heeft kunnen bewijzen door een lange belegering met succes te weerstaan dit ten gunste was van een bezetter, met Hollandse troepen als de aanvallende partij.
In de Franse tijd waren verschillende grote burgerlijke gebouwen voor militair gebruik gevorderd: het weeshuis, de waag en het diaconiehuis. Deze gebouwen bleven ook na het vertrek van de Fransen in militair gebruik. Het weeshuis, door de Fransen gevorderd om soldaten onder te brengen, heeft tot 1986 als kazerne gediend. Het diaconiehuis werd nog in de Franse tijd door het rijk gekocht voor gebruik als militair ziekenhuis en bleef nog lange tijd als zodanig in gebuik. In de voormalige waag (het Spaanse Huis) werden in 1817 twee grote bakovens gebouwd. Tot 1880 diende dit gebouw afwisselend als hoofdwacht voor het garnizoen en als militaire bakkerij. Het gebrek aan veilig onderkomen voor de bezetting van de vesting in een tijd van oorlog, was met het gebruik van deze voormalige burgerlijke gebouwen echter niet opgelost.
Vervolg: De vernieuwing van de vesting in de 19e eeuw.